ためしにOSをMojaveにしてみました。今のところ特に大きな不具合は出ていないのですが，アプリ毎にダークモードへの対応がまだ／不完全とか，細々したことはあるようです。
その中でちょっと戸惑ったのがHyperSwitchというショートカットキーでウィンドウごとのアプリの切り替えができるアプリがうまく働かなくなったことでした。
結論から言えばアプリの不具合でもなんでもなかったのですが，意外と原因に気付かない人もいるかもしれないので少しメモしておきます。
原因はフルキーボードアクセスとの競合かもしれない
私の環境での原因はこれでした。ショートカットキーで操作対象を移動する範囲の設定を今まで「テキストボックスとリストのみ」にしていたのですが，アップデートで「すべてのコントロール」になってしまっていたようです。こうするとHyperSwithcのウィンドウの切り替えショートカットキーと競合し，こちらが優先されてしまうということのようです。
対策は2つあります。
【対策1】フルキーボードアクセスの対象を狭める
システム環境設定 → キーボードと進んで，「ショートカット」タブを選択，下の方にある「フルキーボードアクセス」の設定を「テキストボックスとリストのみ」にする。
【対策2】 HyperSwitchのショートカットキーの組み合わせを変える
アプリの設定の「General」から好きな組み合わせに変更する（ただしCommand, Option, Controlからしか修飾キーは選べない）
また，私の環境ではこの後一度再起動しないとHyperSwitchがうまく機能してくれませんでした。ご参考まで。
これはiMacの方だけで起こってMacBookの方では起こらなかった（フルキーボードアクセスの設定が保存されていた）ので，環境によって違うのかもしれません。
おまけ
たぶんOSをアップデートした時に指示されてやっている人がほとんどだと思いますが，上記の方法でもだめな場合は設定の「セキュリティとプライバシー」の中のアクセシビリティでHyperSwitchにチェックが入っているかどうかも確認してみると良いかもしれません。
